надо в startup лезть, а не понятно чем плохо вызов загрузчика из main. От порчи прошивки спасает расположение загрузчика в стартовой области и защиты ее от selfwrite. Иначе стартовый джамп может быть испорчен и в загрузчик мы никогда не попадем. Во всех остальных случаях без разницы откуда вызывается загрузчик. Его даже можно вызвать из меню.