Чего её доставать-то. Если речь не о xmegaA1 с её ерратой конечно (может пофиксили всё-таки?). Пина нет и он не нужен: обычно делается через фузы (кроме mega48 и подобной экзотики) - зашивается такая настройка что мега стартует после сброса не с адреса 0, а со старта области загрузчика (адрес зависит от конкретной модели меги). В область загрузчика зашивается отдельный проект, который и общается по уарту (или ещё по какому набудь интерфейсу) и может перешить область приложения (и даже самого себя).
Почитайте
Atmel AVR1605: XMEGA Boot Loader Quick Start Guide
Апнота кстати для xmega128A1.
пример проекта