Как заставить... ХМегу начать грузиться с СОМ-порта
Я обычно делаю так:
1) делаю свой проект загрузчика, который зашивается в соответствующую область и общается с программой на ПК по Com-порту. Ещё этот загрузчик может перешивать application section из внешней памяти (AT45), которая загружается по GPRS. Прошивка само сабой зашифрована.
2)Пишется программа которая передаёт с ПК на xmega зашифрованную прошивку по придуманному мной же протоколу.
3) в мегу зашиваются фузы на bootloader reset и сам загрузчик.
А код который идёт к апноте просто пример проекта из которого выкидывается обмен по уарту и всё что не понравится. Оставляется только функции программирования flash (они как правило годные).
Дело в том, что в ней уже пробита какая-то программа, которая мне не нужна.
Если не нужна, то можно стереть. Если не залочена, то можно и прочитать, вдруг пригодится.
А воссановить мне его нечем будет.
Если считаете, то jtag её и зашьёт.
В мегах такая ситуация - зашитого в ROM загрузчика нет, поэтому пишется свой, так как написать свой загрузчик и приложение для ПК проще чем разобраться с тем что они там предагают. Может вам проще использовать готовое, особенно если не нужно шифрование и тому подобное.