Микроконтроллеры

По-моему, такие могут возникать из-за переполнения стека. Из Вашего листинга не видно главного: что делается в п/п, вызываемых из процедуры обработки прерывания по таймеру. И то, что у Вас это работает в симуляторе и работало раньше "в железе" еще один довод в пользу моего предположения. Хотя возможно, что я ошибаюсь.