+1. Лучше всего записывать график зависимости скорости вращения от времени. Делал похожее для автомобильного стенда, там тоже вращающиеся валы. На каждый энкодер ставил ATmega48 и связывал их в сеть RS-485. Но можно сделать и на одном проце с аппаратным интерфейсом энкодеров (например, STM32) или на небольшой CPLD сделать многоканальный энкодерный интерфейс.