Ну зачем обязательно данные на порты Студии подсовывать
?
Можно на входе вставить строчку с запуском Таймера на выходе остановку:
{
static unsigned short func_call_counter=0;
TCF0.CTRLA=TC_CLKSEL_DIV1_gc;
func_call_counter++;
TestFunc();
TCF0.CTRLA=TC_CLKSEL_OFF_gc;
}