Даже если PE не заземлено отсоединять нельзя. Физика в том, что через проходную емкость импульсного трансформатора выброс на "горячем" конце проникает во вторичную цепь и она является неплохой антенной. Не помогает даже глухое заземление вторичной стороны. Скорее наоборот, провод заземления достаточной длины увеличивает мощность излучения в эфир. К тому же тесты на ЭМС проходятся без такого заземления.
Помогает только создание емкостного делителя из того самого Y-конденсатора и паразитной проходной емкости импульсного транса. Этим уменьшается до допустимых значений амплитуда наводки на вторичной стороне... ну или уменьшение проходной емкости транса до допустимых величин. Для этого в импульсных трансорматорах делают экран между первичной и вторичной обмотками. Побочной причиной такого решения является уменьшение КПД и меньшая технологичность транса.
PS. Амплитуда и частота наводки на незаземленном PE все-таки не настолько большая, как на горячем конце импульсного транса.