Потому они и называются "начало" и "конец", что так их обычно мотают ;) Например, когда мотают на каркасе для Ш-образного сердечника, закрепляют "начало" на каком-то контакте и мотают на станочке определенное число витков. Потом "конец" закрепляют на другом контакте. Т.к. вращение всегда идет в одну сторону, то "начало" всех обмоток всегда правильно сфазировано.