Идея была в том, чтобы остановку/обнуление/запуск/защелкивание счётчика делать аппаратно (пропуски если и будут, то уложатся в погрешность), и программно на низком приоритете лишь читать защелкнутые значения 100 раз в секунду. Если ТАК не получится тогда, понятно, сбрасывать счетчик будет "не рентабельно" во всех смыслах.