Оно идёт в комплекте со студией и лежит где примерно тут: C:\Program Files\Atmel\AVR Tools\JTAGICEmkII\
Для AvrIsp и STK500 там другие какие-то exe-файлы, но параметры командной строки почти все один в один. Путь до нужной софтины можно в Path добавить или вызывать её с указанием полного пути:
C:\Program Files\Atmel\AVR Tools\JTAGICEmkII\jtagiceii.exe -d ATmega128 -mi -I125000 -e
В интернете только студию 4 скачать надо - сами знаете где.