Проблему вызвало значение регистра DYNAMICAPR. В описании MT48LC4M32B2 нет характеристики tAPR, я из примера использовал значение tRCD
http://www.lpcware …-configuring-emc-sdram
Это и оказалось ошибкой. Сейчас использую значение из кейловского примера, всё заработало как должно.