Что бы следовало сделать в вашем случае: 0,5. Убедиться, что тактирование таймера присутствует.
1. Убедиться, что таймер считает.
2. Убедиться, что захват- сравнение захватывает/ сравнивает.
3. Убедиться, что GPIO сконфигурирован правильно и сигнал с таймера на него поступает.