реально раз 10 прочитал пока не начал что-то понимать. зачем так словами жонглировать? похоже у тебя проблемы с пониманием как обращаться к элементам структуры. у тебя массив структур, вот и обращайся сначала к нужной структуре из массива по индексу, а потом (после точки) к переменной внутри этой структуры.
у тебя ж в исходном топике правильно:
Sys_Timers_Queue[cnt].st_flags
правда как это ты потом к члену структуры напрямую обращаешься я не понимаю
else (st_flags |= (1<<ST_TIME_OUT_FLG))