Ну рожи-то да... :). про запись регистров через CPP - нихрена нигде не указано,
Потому что не нужно в CCP писать перед записью в RTC. Потому и не сказано. Там нужно SYNCBUSY в статусе смотреть и может ещё что но не RTC.
Вы сами0то смотрели, указанные Вами аппноты, многого там нет, например нет примеров в виде кода, как делали для мег.
Не морочте голову есть там код для каждой апноты, по нескольку примеров на каждый апнот.
Какой хрена я должен ковырять весь 500 страничный мануал, пытаясь отыскать неочевидные вещи.
Не надо 500 страниц, читайте про RTC и смотрите примеры к апноте (и ерату тоже не забывайте :)).
про студию - сейчас уже не вспомню точно, но скажем не отрабатывает некоторые флаги прерываний установленные вручную,
Ну, оно же симулятор, там и АЦП и УАРТ не работает. Даже c JtagICE не всё так как в реальной схеме, но тож отладка.
P.S.
AVR1314 этот код не годится?