Средства и методы разработки

Добавь в Makefile строчку (ниже) и получишь нормальные *.lst файлы при компиляции. 

CFLAGS +=  -Wa,-alh=$*.lst 

О других опциях: -std=gnu99 -- это тебе вредно, лучше напиши пока -std=c89 Это срочно убрать: -funsigned-char -funsigned-bitfields -fpack-struct -fshort-enums И вписать -fsigned-char, чтоб тренироваться не писать говнокода.