AVRCommandLineTools ставит драйвер Jungo, на котором программа STK500.exe работает, а новые Atmel Studio этот протокол понимать разучились. А под AVRDude ставится дравер виртуального COM-порта и там совсем иной протокол. IAR же, похоже, не понимает ни первого протокола, ни второго.