Поставить вниз разъемами , сверху одеть пластиковый пакет , лучше двойной и толстый. Снизу пакет открытый , высота такая чтоб разъемы закрывал.
Обеспечить зазор (хотя-бы местами) между пакетом и ЭБУ 5-10мм для теплоотвода ключей форсунок , зажигания иногда РН.
Кабеля от разъемов должны спускаться вниз хотя-бы на 30-50мм иначе влага по ним будет затекать в разъемы.
Качественно загерметизировать ЭБУ и тем более разъемы очень сложно и грязно.