1. При наличии MRP и библиотекаря этот "маразменный" подход - одна из составляющих управляемого процесса разработки. В остальных случаях трудно (но возможно) получить единообразную выходную документацию от нескольких разработчиков. 2. Вы принципиально не правы, что можно запросто менять 0603 на 0402.
3. Часть ваших проблем решит ведомость замен. Но автоматизировать ее состояние будет непросто.