в иаре cmsis и startup спрятаны (по дефолту подключаются стандартные иаровские либы). Можно заменить на свои, но это дополнительные телодвижения. Организационно мне больше понравился gcc + вручную написанный makefile. Никакого подземного стука и неявно подключаемых дефолтных либ, что прописал в makefile - то и компилируется.