Ясно. Я счёл возможным отключить, поскольку у меня сложилось впечатление, что производство делает шелкографию "за минусом" слоя масочного высвобождения, и проверка не нужна. Сделать проверку без учета via можно попробовать так: формально удалить перед проверкой все via и отключить все проверки за исключением Silkscreen Violations.