Микроконтроллеры

Не сильно вникая... Думаю так будет получше

void main(void)
{
    init_devices();

    //insert your functional code here...
//    if (PORTD & PD0) // bit -

    while(1)
    {
        if (PIND & (1 << MY_INPUT))
        {
            TCCR2 = 0x00; //start
        }
        else
        {
            TCCR2 = 0x7E; //stop //1
        }
    }
}

но работать всё равно будет плохо, т.к. нужно добавить антидребезг. (с настройками периферии я не разбирался)