не надо повторную инициализацию, надо точно знать, что от чего зависит. например EN не выставится, если выставлены флаги TCIF или HCIF. ну и кол-во данных тоже обновить надо, при этом EN должен быть сброшен. этого достаточно. другое дело что проблема может быть не в DMA, и в периферии. в данном случае больше на это похоже