Ну не будет и что? Любое ближайшее слияние и вся история изменений на сервере. В любом случае программёры стремаются лить на сервер промежуточные локальные правки, а тут такого затыка нет - поработал локально - залил работающий результат на сервер. Удобнее во сто крат.
Хуже, что Git не позволяет работать с отдельными директориями.
Это моё личное предвзятое мнение. Любое совпадение с реальностью является случайным и непреднамеренным.