Разумеется, нельзя позволять DMA остановиться, пока ADC ещё есть что сказать. Проще всего запрограммировать DMA на длину вдвое больше, чем надо, по передаче половины сбрасывать бит CONT в ADC, который в этот момент уже начал новый опрос каналов, так что сколько-то данных ещё придёт.