К примеру АЦП можно запускать по внешним событиям RM0008 Reference manual STM32F101xx, STM32F102xx, STM32F103xx, STM32F105xx
and STM32F107xx advanced ARM-based 32-bit MCUs(Doc ID 13902 Rev 14)
стр. 216 таблица внешних триггеров запускающих преобразование АЦП. Там есть и события таймеров, есть и EXTI. Что я смог нарыть в Reference manual по внешним событиям можно управлять синхронизацией таймеров и старт АЦП.