Разность потенциалов между землями может быть непостоянной, т.к. вызвана импульсными токами -- будет мешать приёму. И в момент КЗ ток через кондер пойдёт же и напряжение будет те же 12V. А так как я предполагаю -- компаратор сравнивает (как это делает логический вход ИМС) не со своей землёй, а с "удалённой", следовательно разность потенциалов роли не играет. И поскольку компаратор способен усиливать, то вход можно на резисторах поделить настолько, чтоб напряжения КЗ на входе компаратора никогда не выпадали за пределы 0..VCC (только боюсь компаратор встроенный в МК не осилит...)