Да, писать в ССх можно в любой момент, а благодаря Double Buffering обновление скважности будет происходить только в самом последнем такте цикла, главное - не пиши чаще, чем раз в период ШИМ. Интересно, куда/для чего тебе такое разрешение понадобилось?