Я понятия не имею, какие варианты осциллятора можно (и можно ли вообще) конфигурировать в STM, поэтому ничего сказать не могу. То, что я написал, я применял с AVR/PIC24/dsPIC, в которых осциллятор можно конфигурировать фузами в разные режимы. На CLKOUT всегда наблюдал сигнал полного размаха - от земли до питания