делал такое на PIC24FJ128GB. 2 разъема: хост под флэшку, девайс CDC Serial. Накопление на SPI флэш SST(любых размеров до 8MByte). Конфигурация по "ком" порту. вставляем Flash - сбрасываем архив. Fat16. Все библиотеки брал у майкрочипа. хинт: Можешь сделать на device 2 устройства масссторадж + cdc. одновременно может и не получится. Может придется переключать. Как, сам придумаешь. Например при включении всегда массторадж, а при вкл+удержание кнопки-CDC