PCIe там есть железный (в основном). И внешней логики для его реализации надо не так и много. А USB 3.0 Device займет не менее 25% ресурсов такого камня ->, + физ. интерфейс - в общем, это малоподъемно. http://www.xilinx.com/products/intellectual-property/USB3_DEV.htm