Ответ: собственно внутрисхемные (ISP)программаторы после прошивки кристалла автоматом запускают проц на выполнение программы . и ещё с помощью JTAGICE (для некоторых авр) можно не только внутрисхемно прошить но и отладить программу непосредственно в кристалле пошагово, с брэкпоинтами и тд.