А варьировать настройки разводки, добавлять слой не пробовали? И расстанавливать компоненты надо вручную. Прикидывать при этом сколько связей пересекаются. Если нужна правильная топология для силовых цепей, то разводка д.б. как максимум полуавтоматическая, оставив при этом автороутеру только сигнальные цепи.