на электрониксе пишут о повторном входе в прерывание , проверьте. http://electronix.ru/forum/lofiversion/index.php/t84677.html
Вот помнится мне, что этот эффект (повторный вход в прерывание) даже при времени выполнения меньше 30uS проявляется вовсе не каждый раз, я долго не мог въехать, почему какие-то подозрительные импульсы проскакивают нерегулярно, и часы спешат, но не очень сильно. Когда понял причину, поправил и специально не исследовал. Но в памяти что-то такое отложилось...