AFAIK FAT32 поддерживает тома до 2ТБ (уже не помню точно). Так что отформатировать можно. Могут получиться огромного размера FAT table и гигантские кластеры. На HDD это не сильно страшно, хоть и извращение (да и монтироваться будет медленно). С SD и eMMC носителями могут возникнуть заморочки со скоростью записи, чтения и износом FLASH'a. При форматировании по правилам (в т.ч. exFAT для карточек >32GB) структуры файловой системы располагаются в соответствующих местах и с соотв. выравниванием. Т.е FAT попадает в область SLC, все выравнено по Erase Block Size, итп. итп. Если отформатировать как получится, то структуры данных (кластера, например) могут быть не выровнены, FAT частично залезет в область MLC, что сильно снизит скорость линейно записи, до нескольких раз.
Кстати, по этому все производители гаджетов говорят, что форматировать карты надо в девайсах, обычное форматироавние не позволяют винде или чему другому определить, что это именно SD карточка, а не USB свисток..