У меня был проект на H836049 использовал среду KPIT Eclipse от самого Renesas, там и встроенный компилятор и отладчик в комплекте, вроде даже и бесплатный. Только отладчик не использовал, т.к. проект на поддержке и код был отлажен. В своих целях использовал отладку через принтэф. Прошивается МК через встроенный UART бутлоадер.
https://embedders.org - блоги разработчиков встраиваемых систем.