Нельзя ли кашу в голове исключить для начала: не работает ядро на частоте такой-то, не работает сам PLL, работает, но частота получается не такая, какая нужно и т.п.? Некоторые МК позволяют вывод после PLL на ножку и можно измерить частоту таким образом. Можно тактировать от внешнего генератора с частотой как у PLL и убедиться что (не)работает. Возможно, после PLL есть делитель и можно ядро запустить на меньшей частоте и как-то проконтролировать, что PLL вообще работает...