+1. При инициализации использую библиотеки, а в прерываниях и при частом использовании оптимизирую код нужных мне функций. Только вместо макросов - инлайн функции. В первой версии библиотек для инициализации тактирования предлагалась специальная тулса на екселе, которая генерила файл system_stm32f2xx.c.
STM32Cube позиционируется не только как "ножкораскидыватель", но и как вторая версия библиотек и инициализации тактирования в неё включена.
В новом проекте начну её использовать.