Делали такое с помощью конденсаторной развязки как раз по микреловской апноте что ниже ссылку дали. У нас был процессорный модуль с PHY-ем на борту, а на материнской плате стоял свитч KSZ8995. Все работало нормально, но сильно тонких подробностей уже и не помню.
https://embedders.org - блоги разработчиков встраиваемых систем.