Именно так на пиках делаем. При включении загрузчик проверяет наличие новой прошивке во внешней памяти и её контрольную сумму. Если она там есть, то перезаписывает остальную флеш и затем передаёт управление новой программе. Видимо не до конца разобрались с этим армом...