Питайте FT245 собственно от USB. При подключении к USB запитывайте свое устройство от это же халявной кормушки (VBUS). При батарейном же питании устройства устанавливайте потенциалы низкого уровня на линиях связи с FT245. Запитывать IO без ядра это не есть хорошо.