Данные во Flash портятся исключительно в моменты включения/выключения питания Чтобы этого не было, надо применять супервизоры питания, а не RC-цепочки сброса МК. Кроме того, нужно обеспечивать достаточно быстрое и линейное нарастание питания МК, а не вешать на выход источника многомикрофарадные электролиты, а также исключать вероятность паразитного запитывания МК/флешки от внешних сигналов во время отсутствия питания