Схемы, платы, компоненты

Ответ: 

конденсатор расположен ближе к опорному входу АЦП

Имеется в виду С2? Да, он сидит в 3..5 мм от АЦП. По проводу "земли" от Ref к АЦП идёт только ток питания Ref. Характерная длина проводников - 1..2 см, провода питания - навесные по кратчайшим маршрутам. Вот так сейчас:

 +---*---Buffer---*---ADC
 |   |     |      |    |
Ref  C1    |  4.7u C2  |
 |   |     |      |    |
 |   |     +------+----+----+
 |   |            |    |    |
 +---*------------*----*----*GND

Но и при заземлении буферного ОУ на АЦП, результат тот-же - подключение С1 увеличивает шум.