PartImage. Сам не пробовал. Мне достаточно было dd(есть и работает dd-win32) - копировал начало диска (основную таблицу разделов и System 100MB + раздел C), плюс таблицу разделов логических дисков, а в текстовом файлике значение смещения для неё. http://www.partimage.org/Main_Page Правда это было не совсем для бэкапа - клонировал и нужно было по-быстрее.
