Попробуйте загрузить в ССR константу, равную A, а в ARR B; B>A. Сконфигурируйте канал захвата- сравнения для работы на выход ШИМа, ну и GPIO тоже не забудьте сконфигурировать. Убедитесь, что счётчик считает, а ШИМ выдаётся. Далее допиливайте свой софт.