Бред какой-то. Как это вы добьётесь "постоянную готовность нужных прерываний"? Что вообще означает эта фраза? И при чём здесь RTOS ? Про ртос всё понятно, но даже там в прерывании только шедулер. А до main дойдёт сразу после обработки прерывания, т.к. процессор проснётся, или до вашего майна доходит как-то по другому? Вы не торопитесь, и не волнуйтесь, вы на пальцах пройдите оба варианта в разных условиях исполнения, учитывая асинхронность аппаратных прерываний.
Если вы каждому аппаратному прерыванию сопоставляете программное, то почему не делать сразу всё в аппаратном? Разница в чём?
Это моё личное предвзятое мнение. Любое совпадение с реальностью является случайным и непреднамеренным.