смутно помню, что сканирование содержимого регистров без остановки проца иногда дает разные артефакты, особенно это касается регистров таймеров и модулей захвата, поскольку операция считывания содержимого регистров не атомарна. JTAG работает по последовательному интерфейсу.
Я уже точно не помню, но кажется в АВР это имеет место быть для каких-то режимов. Могу ошибаться, но что-то смутное в голове крутится.