Попробуй отключить АЦП, перенастроить, потом снова включить:
ADC_Cmd(ADC1, DISABLE);
ADC_ChannelConfig(ADC1, ADC_Channel_0 , ADC_SampleTime_28_5Cycles);
ADC_Cmd(ADC1, ENABLE);
ADC_StartOfConversion(ADC1); // кстати этим запускается преообразование АЦП (по крайнее мере в stm32f103)
Укажи какой stm32 у тебя