Я бы посмотрел сначала на опции стартапа по запрету собаки. В смысле в main иногда (при большом количестве инициализируемых переменных) запрещать уже поздно. А если питание с эмулятором и без чуток отличается, то срабатывание собаки будет с разным периодом. Возможно Ваш случай.