Не, ну понятно чтот больше чем у АВР: для АВР startup и скрипт линкера подключался автоматически, тактирование настраивать не надо (для STM32 его кстати тоже можно не настраивать), хидер с описанием периферии тоже где-то в папках тулчайна спрятан...Вот и получается что меньше, хотя иногда всё это приходится подключать и к проекту на АВР - тогда получается также как и под STM32.
P.S. Возьмите готовый проект как рыбу - например
scmrtos , там всё нужное в минимальной конфигурации есть (безо всяких хитрых связей).