Делается все очень просто. Настраиваешь нужный канал на генерацию меандра. Настраиваешь Slave mode: SMS = 101(Gated Mode). Выбираешь источник для TRGI (TS = xxxx) какое тебе надо, хоть с CH1, CH2 или ETR того-же таймера, хоть выходы TRGO других таймеров. В последнем случае нужно еще настроить источник TRGO соответствующего таймера). Все.